Музей основан в 1991 году для изучения, сохранения и пропаганды замечательного памятника истории, культуры и фортификации — Кузнецкой крепости. В состав музея входит более десятка военно-фортификационных и архитектурных объектов разной степени сохранности.
На территории музея имеется несколько археологических памятников разных типов. Экспозиции представляют военную историю региона, материалы раскопок Кузнецкого острога, историю укрепленных «линий», историю Кузнецкого тюремного замка, располагавшегося на территории крепости. Сотрудники музея продолжают исследования Кузнецкой крепости (археологические и архивные изыскания), работают над обновлением экспозиции.